初経、妊娠・出産、閉経といった女性特有の体の働きを支配しているのが卵巣から分泌される女性ホルモン、とくに卵胞ホルモン（エストロゲン）です。エストロゲンは４０歳頃より低下しはじめ、更年期障害はこのエストロゲンの分泌が急激に減少することによって起こります。脳の視床下部にある自律神経中枢に影響を及ぼして自律神経失調症を引き起こします。また、この年代の女性を取り巻く家庭や社会環境の変化からくる心理的ストレスが大脳皮質・大脳辺縁系に影響を与え、憂うつや情緒不安定などの精神症状を引き起こします。この自律神経失調症状と精神症状が相互に影響し合って、更年期障害の病状を複雑にしています。
症状は、自律神経失調症状、精神症状、その他の症状に分けられます。通常、自律神経失調症状と精神症状は混在しています。
自律神経性更年期障害の代表的なものは、ホットフラッシュ（顔ののぼせ、ほてり）、発汗などの症状です。ホットフラッシュは閉経女性の40〜80％に認められ、１〜数年間続き、長期にわたる場合もあります。しかし、そのうち治療を要するものは25％とされています。
精神症状としての抑うつは、閉経女性の約40％に認められています。また、最近の調査では、日本の更年期女性の特徴として、ホットフラッシュよりも肩こりや抑うつを訴える頻度が高いことがわかっています。
更年期に出現する心身の様々な症状の現れ方は人それぞれです。更年期症状が極端にひどく、日常生活にまで支障をきたしてしまう場合を更年期障害と言い、治療の対象になります。