遺糞症は、こどもの便秘によって起こることが最も多いです。便の貯留または便秘がない場合はまれですが、他の器質的な原因（ヒルシュスプルング病やセリアック病など）または心理的問題が原因と考えられます。便の貯留と便秘によって直腸およびS状結腸が拡張され、それにより腸壁の筋および神経の反応性が変化します。それらの変化によって腸管の排泄機能が低下し、さらなる便貯留につながります。便が腸管内にとどまるにつれ、水分が吸収され便が硬くなり、排便がさらに困難となり、痛みを伴うようになります。硬化した便塊の周囲から軟便が漏れ、溢流が起きます。漏出と腸管コントロールの不良の両方によって便失禁が起こります。

まず、基礎的な疾患があればその治療が優先されます。基礎的な疾患がなければ病気に対する説明を患者様・ご家族様に行い、子どもがもつ自責感をへらします。その後宿便の軽減となります。
食事療法や運動に関して説明を行い、薬剤としては酸化マグネシウムやセンノシドなどを少量から使います。

行動療法としては、トイレに座る時間を決めること（例えば、胃腸反射を利用するために毎食後5～10分間トイレに座らせるなど）があります。日中の特定の時間に便失禁がある場合は，その時間の直前にトイレに座るなどの工夫も行います。小さな報酬がしばしば有用な動機づけとなるので、トイレに座る毎に（排便がなかった場合でも）シールを与えて表に貼らせることにより、子どものモチベーションアップを目指します。
維持期間では、便意を感じる前に排便を促すために規則的にトイレに座らせることを継続します。これにより便貯留を減らし、直腸の大きさを元に戻します。
排便習慣の獲得は時に数カ月から数年を必要とする場合もありますが、症状が一旦消失したなら緩下薬を徐々に中止をしつつ、排便習慣の継続が推奨されます。
ストレスや環境の変化がある状況では遺糞症が再発する可能性があるため、ご家族様は再発の可能性に対して備える必要があります。個人差はありますが、1年後の治癒率は約30～50％，5年後の治癒率は約48～75％といわれており治療による改善が期待できます。